初期在重慶女子勞教所，杜娟為了抵制迫害，喊大法真相口號，擦抹誣衊大法的黑板報，拒絕穿勞教服裝。警察指使吸毒犯用髒布條堵她的嘴，用鞋底抽打她的臉，甚至將她五花大綁，固定在烈日下持續曝曬。

2002年5月，為讓杜娟轉化，獄警調來打手李彬，連續抽打杜娟幾十個耳光，接著唆使吸毒犯馬蘭、鄭秀琴等人對杜娟的腹部拳打腳踢，然後把她關進禁閉室，並派人24小時輪流監管。

禁閉室裡面陰森恐怖，空氣污穢，冬天陰濕，夏天悶熱，馬桶蓋一揭臭氣熏天。正常人進去呆幾分鐘都覺呼吸困難，法輪功學員卻要在這裡被關上一、兩個月。

杜娟的腹部受到重擊後疼痛不已無法站立，但獄警持續處以罰站、罰蹲直到她昏了過去才送醫，經和平醫院診斷為「左腎、脾損傷、腹部腸梗阻」。警察懼怕承擔責任，當晚就將她放回了家。

此時的杜娟面部腫脹變形，身上青一塊、紫一塊，腰不能挺直，走路必須手捧著腹部，小心翼翼地一步一步挪動腳步。過了幾天，警察為了掩蓋罪行，改變了主意，不讓杜娟 「保外就醫 」，將她抓到江北和平醫院強行治療。一個星期後傷情好轉，杜娟再次被他們投入勞教所。

暴力無法轉化她，警察便企圖從精神上瓦解杜娟的意志，首先斷絕她與外界的一切信息往來，不准與親屬接見、通信、打電話。有段時間，警察不允許杜娟與同寢室的人說話。接著，兩組人員圍著她輪番轟炸，語言攻擊、人身羞辱。又對杜娟實行「全封閉式管理」，禁閉長達7個月，甚至讓肺結核病人監視她，致使杜娟也感染了肺結核。經和平醫院胸片檢查確診為「繼發性肺結核」、「雙側胸腔積水」。

由於杜娟連續高燒不退，呼吸困難，重慶女子勞教所才讓她保外就醫。此時杜娟的脾、肺、肝等器官皆已功能衰竭。回家後，杜娟遭到當地警察長期騷擾和跟蹤，只得流離失所。