2001 年7月12日晚間，馬靜芳與另一名法輪功修煉者一起發真象材料，被警察抓到東城看守所。在看守所馬靜芳因為拒絕說出家庭住址，被刑訊逼供了7天。最后警察強行給馬靜芳照相，拿著她的像片到各個街道居委會進行辨認，結果馬靜芳的相片被當地居委會人員認出，警察非法抄了馬靜芳的家，拿走所有的法輪功書籍，馬靜芳被非法勞教2年半。

在北京大興女子勞教所，馬靜芳因為不放棄信仰，七大隊大隊長王兆鳳對她進行了嚴重的迫害，王兆鳳以馬靜芳?假轉化?為理由，整她的黑材料，準備到后期給她延期。在勞教所，管教人員經常強迫法輪功學員每天早起織毛衣，晚上也經常是通宵，就這樣，法輪功學員都出現不同程度的身體損傷，如視力急劇下降等。馬靜芳被折磨了將近一年的時間，她的身體已經相當虛弱，終于在2002年7月的一天突然暈倒失去知覺，被送進大興醫院搶救，幾個小時后才蘇醒過來。警察怕承擔責任，就給她辦了保外就醫。

從勞教所回家后，馬靜芳總覺得胸悶憋氣，有時全身浮腫，有多次住院的紀錄，經診斷為嚴重心力衰竭，時刻有生命危險。可是警察仍多次上門或電話騷擾，當地的居委會還長期監視馬靜芳。
2003年6月，馬靜芳與大法學員陳穎去看望一個剛從勞教所回來的學員謝婷，再次被抓捕。當時馬靜芳就全身浮腫，警察被迫送她到安貞醫院檢查，并要將她強行帶走。當時醫院不放人，并說：這樣病重的人你們還要帶走？她需要住院治療！