1999年底，錢有云被關押在武漢婦教所，當時十二月份的大冬天，錢有云穿著秋衣秋褲，綁著手、腳，透明膠封住嘴巴，被按倒在地上三個多小時，之后，錢有云光著腳被罰站在豬欄的水泥地上，同時在她的腳上澆冷水。

2000年元月，錢有云被綁架到武漢市女子看守所，年底被關入武漢女子監獄。為了迫使錢有云放棄修煉，錢有云到監獄二、三天后，就開始被逼罰站，長時間不讓睡覺，警察還指使犯人經常打罵錢有云，讓錢有云操作危險的機臺。

在武漢女子監獄的一名犯人描述：?我在三隊時看見錢友云在12月份寒風刺骨的冬天，穿著毛衣站在過道的風口上，我們上夜班路過時見她站在那里，下班后看她還站在那里，第二天上班時還站在那里，連續站了好多天。?錢友云遭受這樣的待遇，全身腫了半年，臉像紅紙，有時吃飯連人帶碗摔倒在地上。

錢有云坐了三年牢，出獄后不久，又在2003年3月份，被強行綁架到洗腦班。一進洗腦班，區分局一科王國良、610辦公室的政法委副書記楊家煜、法院的黃改等洗腦班的工作人員就圍攻錢有云，連續九天強制不讓睡覺，逼她簽字，寫誣蔑材料，不寫就打耳光、抓頭發，錢的眼睛被打得青紫紅腫，無法睜開，腳腫得不能穿鞋子，身上都是傷。

2004年1月14日，錢友云被勞教一年半，關在何灣勞教所女子六隊。一入勞教所，錢有云就遭罰站3天，吊銬4天，3人輪流看守不讓她睡覺，錢友云絕食抵制迫害，警察又強制野蠻灌食。由于長期遭受迫害，導致錢友云長期頭疼，雙腳嚴重受損，大便不正常，月經未來。

2005年7月14日錢有云才剛走出何灣勞教所，卻又被關進武昌區余家頭洗腦班。39度的大熱天，錢有云被銬在窗上不松銬，晚上開窗讓蚊蟲叮咬，幾十天不讓洗澡換衣，不讓她吃飽飯，要她將小便解在褲子里，順腿流在地上。錢有云的雙腿腫粗如水桶，往外淌水。