據悉，20日清晨當地時間五點四十分，善光寺職員發現本殿迴廊、北側及西側的柱子等共六個點，遭人以白色的噴漆塗鴉，畫了橢圓形的模樣。最大的圖樣長八十公分、寬六十公分，最小的圖樣長、寬各約十五公分。

善光寺總務長若麻績信昭認為，這種毀損國寶的行為實在不可取，並表示，今後會加強警戒。他18日代表寺方婉拒當北京奧運火炬在日本的起跑點時表示，寺方要維護國寶及信徒，看到藏人遭中共政府鎮壓，同為佛教徒，感到很憂慮。

該寺自辭退當北京奧運火炬起跑點之後，連日接到許多電話，支持的電話多於抗議的電話。但目前中共政府在西藏及奧運問題上，煽動大陸民眾民族主義仇外情緒，也令日本民眾擔心，善光寺會否遭到縱火報復。

善光寺是代表日本江戶時代中期的佛教建築，被指定為國寶。本殿創建以來，曾遭祝融侵襲十一次，現在的本殿是在一七零七年時重建。